Het verzorgen van de juiste alignment van de partities op een Windows machine zorgt voor betere performance.
Windows Server 2008 aligned partities al standaard op 1 MB, daar is geen manuele interventie nodig.
Voor Windows Server 2003 is het verstandig om met de hand de partitie juist te alignen bij het aanmaken van de partitie. Zie hiervoor Microsoft Support - Disk performance may be slower than expected when you use multiple disks in Windows Server 2003, in Windows XP, and in Windows 2000 (KB929491)

Bronnen:
Jimmy May - Disk Partition Alignment (Sector Alignment): Make the Case: Save Hundreds of Thousands of Dollars
In recovery... - Are your disk partition offsets, RAID stripe sizes, and NTFS allocation units set correctly?
Kendal Van Dyke - Disk Performance Hands On: Series Introduction
frankdenneman - Windows 2008 disk alignment
Microsoft Support - Disk performance may be slower than expected when you use multiple disks in Windows Server 2003, in Windows XP, and in Windows 2000 (KB929491)